Commencée en 1498, la porte nord de la nouvelle cathédrale a été conçue par Juan de Álava y Gil de Hontañón (XVIe siècle), une merveille architecturale de style gothique tardif. Les matériaux de la vieille cathédrale ont été réutilisés pour sa construction, et son aspect inachevé est dû au manque de financement pour son achèvement. Son intérieur abrite de nombreuses pièces d’intérêt artistique datant de la fin du XVe au XVIIIe siècle, comme le retable principal avec des sculptures de Gregorio Fernández et des peintures de Francisco Ricci, le portail de la sacristie, les stalles du chœur de Rodrigo Alemán avec leur grille majestueuse, et les retables churrigueresques de l’Assomption et de San Agustín.